Bei dieser Form der Kennzeichnung wird ein Transponder implantiert, der einen Chip enthält. Auf diesem ist eine weltweit einmalige Identifikationsnummer gespeichert. Nach der Registrierung dieser Nummer in einer zentralen Datenbank ist es möglich, ein entlaufenes Tier seinem Besitzer zuzuordnen und dieses rückzuführen. Der Vorteil gegenüber der früheren Methode der Tätowierung eines Tieres besteht darin, dass die Mikrotransponderimplantation ohne vorherige Sedierung stattfinden und der Code auch nach Jahren zweifelsfrei ausgelesen werden kann. Tätowierungen hingegen verblassen oft im Laufe der Zeit und sind v.a. auf pigmentierter Haut schwer zu erkennen.
Vor dem Ausstellen eines EU-Heimtierausweises ist diese Mikrotransponder-implantation verpflichtend, um eine eindeutige Zuordnung des Patienten zum Ausweis zu gewährleisten.